ישיבת אלקנה איננה עוד ישיבה בשרשרת הישיבות התיכוניות בארץ, הישיבה מציגה גישה חינוכית חדשנית המתבססת על הפקת לקחים ונסיון שהצטבר במשך השנים במערכת החינוך הדתי בארץ. את חדשנותה של הגישה ניתן לסכם בארבע נקודות עיקריות:
1. הרגלי למידה
ישיבת אלקנה מעמידה את הקניית הרגלי הלמידה והמחקר לתלמיד בראש סולם העדיפות בעוד ששינון החומר הופך למטרה משנית. בוגר ישיבת אלקנה ידע טוב יותר ללמוד דף גמרא חדש ולנתח אותו, ובמקצועות הכלליים תהיה לתלמיד גישה למקורות מידע, והבנה בתהליכי המחקר.
גישה רב תחומית
בישיבת אלקנה הגישה היא רב תחומית. דהיינו מקצועות הלימוד יאורגנו מחדש במסגרת מערכים המאוגדים לאשכולות לימוד מעודכנים על פי בחינות הבגרות החדשות.
לימודי אמונה
כיום מושם מאמץ עיקרי על לימוד מקורות ההלכה, הגמרא ומפרשיה ויתר הנושאים התורניים נדחקים מעט לקרן זוית, בישיבת אלקנה נושאים של אמונה, מוסר ודעות יתפסו את המקום הראוי להם בתכנית הלימודים. כאן ינתן דגש על עניינים המעסיקים את בני הנוער בהתמודדות בעיות הפרט, הדור והתקופה.
מגמות לימוד חדשות
1. מגמת משפט עברי - כסביבת לימודי חברה ותרבות יהודית בארץ ישראל. הישיבה שמה כמטרה לקרב את התלמידים אל מקצועות הקודש תוך ראייתם כתורת חיים הנוגעות לחייהם, ובד בבד להכשירם כבעלי יכולת לימוד עצמית.
2. מגמת לימודי הסביבה - כסביבת לימוד מעמיק במקום ובמציאות הסובבת אותנו, על כל מרכיביה.
3. התחום הלימודי - כולל מגמה ריאלית ומגמת מחשבים מוגברת כשהתלמידים ניגשים לבחינות בגרות בכל המגמות ברמה של 5 יחידות.