ב-5 ביוני פרצה מלחמת ששת הימים, הצנחנים נלחמו בשלוש חזיתות -
הירדנית,
המצרית ו
הסורית.
שחרור ירושליםהמשימה שיועדה ל
מוטה, מפקד חטיבת הצנחנים, היתה פשוטה - לפרוץ עם שחר ולחבר את ירושלים העברית עם המובלעת הישראלית בהר הצופים. בסתר ליבם האמינו
עוזי נרקיס, מפקד פיקוד המרכז, ומוטה גור, מפקד חטיבת הצנחנים, כי ישחררו גם את העיר העתיקה שנכבשה ע"י הלגיון במלחמת השחרור, על כן התקבלה תוכניתו של מוטה כי מלבד פריצת דרך להר הצופים, תיכבש גם המושבה האמריקאית ו
מוזיאון רוקפלר הצופה אל פני העיר העתיקה.
המלחמה היתה עקובה מדם, הצנחנים לחמו מלחמה עיקשת בתעלות
גבעת התחמושת המבוצרת בדרכם אל הר הצופים ובסמטאות העיר בדרכם למוזיאון רוקפלר.
למחרת בבוקר, אחרי קרבות קשים ומחיר דמים נורא, הרכסים היו בידי הצנחנים: גדוד 6 על הר הצופים, גדוד 7 על
רכס אוגוסטה ויקטוריה וגדוד 8 חונה ליד חומות העיר העתיקה, ואז באה פקודה לקפוץ לעיר העתיקה ואכן הצנחנים פרצו ועד מהרה נשמע קולו של מוטה במכשיר הקשר "הר הבית בידינו".
מעזה לתעלת סואץבאותם ימים עסקו צנחניו של
רפול בכיבוש וטיהור ערי הרצועה, הם נעו אל העיר עזה בתנועת מלקחיים ולאחר קרבות קשים כבשוה, משם שעטו לכיוון תעלת סואץ - על הצנחנים להגיע ראשונים לתעלה.
במבואות קנטרה נפגע רפול בראשו והוטס לבית חולים בעורף, דוידי קיבל את הפיקוד והצנחנים פרצו לתוך קנטרה והיו הראשונים בצה"ל שרחצו את רגליהם בתעלה.
רמת הגולןבשבת 10.6.1967 ביום האחרון למלחמה, הטילו על הצנחנים מבצע נועז - הליקופטרים העבירו לרמת הגולן אלף צנחנים מצויידים בג'יפי תול"ר, סיור וטילים, בפיקודו של
דני מט. בהגיעם אל הרמה יצאו מן ההליקופטרים ודהרו קדימה אל צומת בוטמיה, המטרה הסופית, כשהם עוברים בכפרים ומטהרים אותם. בהגיעם לצומת בוטמיה, נתקלו בכוח סורי וחיסלו אותו. זה היה הקרב האחרון במלחמת ששת הימים, לולא המבצע המוטס, מחצית מרמת הגולן היתה נשארת בידי הסורים.